净化车间的主要目的就是控制空气污染，无尘车间必须将空气尘埃量降到最低甚至达到无尘效果，这就要求净化空调要配备好的过滤系统。 而且过滤器的性能好坏，也关系到对生产车间尘埃和微生物控制的效果。 所以净化空调空气过滤器的品质要求比较高，无尘室需要配备三级过滤，分别为空气处理机组配备的初级和中效过滤器，以及送风末端配置的高效过滤器。

无尘室最重要的功能是过滤空气中的细菌和尘埃，严格把控空气中粒子，净化空气质量使其到达洁净标准。 净化工程中空调系统首要特点是风量要足够大，这样才能保证无尘车间的洁净度。 空调风量的大小，主要是根据换气次数调定的。 一般来说单向流的无尘室，换气次数比较多。

一般来说无尘车间空调系统都会使用不同等级的过滤器，主要分初级、中级和高级这三种。这三级过滤器阻力基本都是有 700-800 帕。因此无尘室一般会采用集中和回风这两种方式。为了严格把控无尘室内正负压的调节，无尘车间空调管道的阻力一般比较大。而要克服阻力因素，就必须让空气处理机组中的送风机压头要足够高。

现代工业的高速发展，使得工业产品拥有体积小、高价值的特点，如果洁净空调机出现故障，将带来数于万计的损失，特别是医用无尘室中，如果在手术或者是产房过程中，如果空调机组出现故障，将带来生命的安危，因此要求组合式空调机组拥有相当的稳定性和可靠性，要求空气处理机组的每一个部件采购中应该采用拥有良好的品质管理的厂家的产品，如在机组内部应该选用有认证的高品质风机和高品质的电机，对过滤器的选用也要非常慎用，特别是高效过滤器，如果有一个小孔，就带来无数的细菌，后果是无法想象的。 另外在空气处理机组的生产和检测也要严格按照国家的标准制造。